Flagellen (lateinisch flagellum) oder Geißeln sind fadenförmige Gebilde auf der Oberfläche einzelner Zellen, die der Fortbewegung dienen. Sie sind bei Prokaryoten (Lebewesen ohne Zellkern) und bei Eukaryoten (Lebewesen mit Zellkern) hinsichtlich Struktur und Funktionsweise grundsätzlich verschieden:
Diese beiden völlig unterschiedlichen Organelltypen werden jeweils sowohl als Flagellen als auch als Geißeln bezeichnet, diese beiden Bezeichnungen werden also als Synonyme verwendet. Um jedoch dem unterschiedlichen Aufbau und der verschiedenen Funktion von Pro- und Eukaryotengeißeln nomenklatorisch Rechnung zu tragen, ist von deutschsprachigen Autoren folgende Sprachregelung vorgeschlagen worden:
„Die Geißeln der eukaryotischen Zellen haben einen sehr einheitlichen Aufbau. […] Der Begriff 'Flagelle' bleibt den ganz anders organisierten Fortbewegungsorganellen der Prokaryoten vorbehalten.“[1]
Im vorliegenden Artikel wird diese eindeutige Zuordnung der Bezeichnungen, also „Flagellum“ für Prokaryoten und „Geißel“ für Eukaryoten, weitgehend berücksichtigt (mit Ausnahme feststehender Begriffe wie Begeißelung). Zu bemerken ist aber, dass in anderen aktuellen Lehrbüchern diese Unterscheidung nicht gemacht wird.[2]